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最近使用Seurat画小提琴图时想将组间的p值给标上，发现Seurat的VlnPlot并没有参数直接支持这个功能。本文就记录一下解决的方案。

CytoTRACE2

CytoTRACE2是 Newman Lab 开发的用于预测scRNA-seq数据中细胞干性和发育潜能的计算方法。

CytoTRACE2本质是一种深度学习框架，该模型在涵盖 28 种组织类型和整个发育范围的人类和小鼠 scRNA-seq 数据集的训练和验证（总共31个数据）。利用该模型，CytoTRACE2可以将细胞分类为终末分化（differentiated: 0）和全能细胞（totipotent: 1）.

本文简单介绍CytoTRACE2 R包的基本用法，具体原理可参考他们目前的预印本 https://doi.org/10.1101/2024.03.19.585637

最近想将单细胞数据从Seurat转还到H5AD格式，但发现Seurat V5直接转换会报错。这里记录一下解决的方案。

最近开发了一个R包，enONE（https://github.com/thereallda/enONE），可以用于NAD-RNA-seq或者其他代谢物修饰RNA的数据分析中。相关工作也发表了，欢迎大家使用并提出意见 :)

Epitranscriptome analysis of NAD-capped RNA by spike-in-based
normalization and prediction of chronological age
(https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.108558)

Gene Classification

上一篇文章写了用Geneformer如何做细胞分类，这一次记录用Genefomer做基因分类的过程，例如预测基因是否为药物敏感性TF。

Geneformer for cell type annotation

Geneformer 是一个基于30M scRNA-seq data训练的Transformer模型，该训练数据包括人类的多种组织器官。Geneformer可以用于细胞水平的分类预测和基因水平的分类预测（例如预测是否为耐药基因），这里我们先根据教程演示其在细胞类型预测上的步骤。

scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs

本文记录使用scanpy处理3k PBMCs scRNA-seq数据的流程。

本文简单介绍几种重抽样方法 (in R)。

• Permutation
• Bootstrap
• Jackknife
• Cross validation

本文简单记录R包开发的流程