👋 Hi

这个博客主要用于记录我日常的学习、工作和想法。

如果有什么问题，可以通过邮箱: lideanlda@foxmail.com与我联系。

最近想将单细胞数据从Seurat转还到H5AD格式，但发现Seurat V5直接转换会报错。这里记录一下解决的方案。

最近开发了一个R包，enONE（https://github.com/thereallda/enONE），可以用于NAD-RNA-seq或者其他代谢物修饰RNA的数据分析中。相关工作也发表了，欢迎大家使用并提出意见 :)

Epitranscriptome analysis of NAD-capped RNA by spike-in-based
normalization and prediction of chronological age
(https://doi.org/10.1016/j.isci.2023.108558)

Gene Classification

上一篇文章写了用Geneformer如何做细胞分类，这一次记录用Genefomer做基因分类的过程，例如预测基因是否为药物敏感性TF。

Geneformer for cell type annotation

Geneformer 是一个基于30M scRNA-seq data训练的Transformer模型，该训练数据包括人类的多种组织器官。Geneformer可以用于细胞水平的分类预测和基因水平的分类预测（例如预测是否为耐药基因），这里我们先根据教程演示其在细胞类型预测上的步骤。

scanpy | Preprocessing and clustering 3k PBMCs

本文记录使用scanpy处理3k PBMCs scRNA-seq数据的流程。

本文简单介绍几种重抽样方法 (in R)。

• Permutation
• Bootstrap
• Jackknife
• Cross validation

本文简单记录R包开发的流程

文章接受，终于有空再发点笔记了😃

• SCENIC_Tutorial
  • Setup
  • Load Packages
  • Input
  • Initialize SCENIC settings
  • Co-expression network
  • Build and score the GRN
  • Optional steps
  • Exploring/interpreting the results

SCENIC_Tutorial

http://htmlpreview.github.io/?https://github.com/aertslab/SCENIC/blob/master/inst/doc/SCENIC_Running.html

• Linear Regression
  • Model
  • Prediction
• GLM
  • Model
  • Prediction
• LOESS regression
  • Fitting only
  • Extrapolation

使用R建模并预测