conda是什么

Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版，支持Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。

本文要介绍的Miniconda是一个Anaconda的轻量级替代，默认只包含了python 和conda，但是可以通过pip和conda来安装所需要的包。

说白了conda就是一个软件包的管理库，可以方便地安装各种软件，当然也包括生信分析中常用的各种软件。

Miniconda的下载

Miniconda的下载有两种方式：

从官网上（https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html）下载最新的版本

根据自己python的版本以及32/64位下载即可，右键“复制链接地址”

1	$ wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

从清华源（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/）上下载（推荐）

下载这个最新版的即可

1	$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Miniconda的安装

下载的文件Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 是没有执行权限的，这里我们修改一下该文件的权限。

1 2	$ chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh $ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

这里要注意的是不要将conda加入环境变量，避免环境变量被污染

Miniconda启动

因为我们没有将conda加入到环境变量中，所以我们需要手动启动conda

先切换到./miniconda3/bin，找到activate文件

$ cd ~/software/miniconda3/bin/
$ ll miniconda3/bin/ | grep activate
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal      210 Jun  8 11:18 activate*
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal      298 Jun  8 11:18 deactivate*

如果activate文件是有执行权限x的话就无需修改权限，否则就用chmod 777使其可执行

之后，使用以下命令即可启用conda

1	$ source ./activate

启动后会在命令行首出现当前conda环境的标志(base)

添加channels

添加channels后，就可以下载该channel下的软件了，这边顺便把清华的镜像channels添加进去（国内用户使用快点）

$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
$ conda config --set show_channel_urls yes ## 显示channels的链接

查看已添加的channels

1	$ conda config --get channels

要注意的是最后添加的channels是最高优先级的。

conda常用操作

使用conda安装软件

conda 安装软件十分简单

1	$ conda install fastqc

以下是一些常用的生信软件

$ conda install multiqc
$ conda install trimmomatic
$ conda install star
$ conda install samtools

退出conda

1	$ conda deactivate

在conda环境下安装的软件在退出conda后无法使用，可以通过为软件创建软连接的方式解决：

“ 卖萌哥” 提供的解决方案：

环境操作

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$ conda create --name env python=2.7 ## 创建一个名为‘env’的python版本为2.7的环境
$ conda create --name clone --clone env ## 复制‘env’环境到‘clone’环境
$ conda remove --name env --all ## 移除‘env’环境

快速启动conda

由于我们没有把conda加入环境变量$PATH ，所以每次想使用conda时，都需要敲入$ source ./miniconda3/bin/activate 这样一长串命令。但我们也可以通过alias这个别名命令省点功夫。

我们需要在.bashrc文件中创建一个快速启动conda 的命令，其实就是相当于将我们启动conda的那一长串代码赋予了一个别名conact

注意千万不要修改.bashrc文件中的其他内容！！！（在你对linux系统并不十分熟悉的时候，不建议你这样做）

.bashrc文件相当于一个系统配置文件，我们在这里设置别名命令就不用每次登录时都设置一遍。

总而言之，conda是一个十分好用的软件管理工具，最直接的当然是方便我们安装各种软件和工具包。但除此之外它提供的更加是一个简洁的开发环境，我们可以通过创建不同的环境来进行不同的分析操作，例如设置genome环境专门处理基因数据，设置一个proteome环境分析蛋白质组数据等等。不同环境的设置保证了我们分析的简洁性，避免了其间软件的相互干扰。

持续更新：conda常用命令

## 查看已安装命令
conda list 
## 安装软件到指定环境
conda install -n <env name> <pkg name>
## 指定环境的路径安装包
conda install --prefix=/path/to/install <pkg name>
## 安装指定channel的指定版本软件
conda install -c conda-forge R r=4.0
## 卸载包
conda uninstall <pkgs name>
## 更新包
conda update <pkgs name>
## 显示所有的虚拟环境                   
conda info --envs         
## 搜索包
conda search <pkgs name>

Ref：

https://mp.weixin.qq.com/s/FKSl4OCPX393uFEzeYA-bg

http://www.normalesup.org/~vorgogoz/BioInfoCourses/2019-09-09-Conda-O-Kirsh.pdf

https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/index.html

完。

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Conda安装及环境搭建