整理高通量测序数据分析中使用的软件。
samtools
比对软件产生的序列通常是随机的。然而，比对后的分析步骤通常要求sam/bam文件被进一步处理，例如在IGV查看比对结果时，常需要输入的bam文件已经被index。因此，本文将介绍samtools sort和samtools index命令。
samtools sort
假设我们有一个bam文件，可以通过以下命令对其排序
1 | samtools sort -@ 8 test.bam -o test.sorted.bam |
samtools index
对排序好的bam文件，可以通过以下命令进行index（注意只能对排序过的文件进行index）
1 | samtools index -@ 8 test.sorted.bam |
默认在当前文件夹产生*.bai的index文件
Ref:
samtools sort manual: http://www.htslib.org/doc/samtools-sort.html
samtools index manual: http://www.htslib.org/doc/samtools-index.html
samtools Tutorial: http://quinlanlab.org/tutorials/samtools/samtools.html
完。