整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

Bowtie 2是常用的基因组比对软件。其原理在此展开，有兴趣的同学可以参阅其官方文档以及其发表的文章(https://doi.org/10.1038/nmeth.1923)。下面简单介绍Bowtie 2 Index和比对的命令及个人常用参数。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是bamCoverage和bamCompare。两者的区别在于bamCoverage是对单个bam文件进行转换，而bamCompare接受两个bam文件，生成两者信号比值的bw文件。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

当我们需要评估ChIP-seq类测序数据的相关性时，deeptools 是一个可行且方便的工具。它提供了一系列方便的命令对高通量测序数据进行分析。本文先集中介绍deeptools中计算ChIP-seq样本间相关性所用到的命令，其余的命令有机会再一一介绍。

问题描述

近期在使用clusterProfiler的GO/KEGG富集结果进行绘图时，注意到一些条目的描述过于长，需要增加图片的宽度才能看到中间bar/dot的信息。

最近在处理服务器上的R，顺便就想往服务器上装一个RStudio。因此就有了本文记录一下安装及配置的过程。我们的服务器是CentOS 7系统，其他发行版安装过程其实也大同小异。

conda是什么

Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版，支持Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。

本文要介绍的Miniconda是一个Anaconda的轻量级替代，默认只包含了python 和conda，但是可以通过pip和conda来安装所需要的包。

说白了conda就是一个软件包的管理库，可以方便地安装各种软件，当然也包括生信分析中常用的各种软件。

据patchwork的作者 Thomas Pedersen所介绍，他开发的初衷就是让ggplots的组合可以ridiculously simple！

The goal of patchwork is to make it ridiculously simple to combine separate ggplots into the same graphic. As such it tries to solve the same problem as gridExtra::grid.arrange() and cowplot::plot_grid but using an API that incites exploration and iteration.

我使用后的感觉也是如此， patchwork可读性高、操作简单、可操作性也高，真的太强了。下面简单介绍一下这个包吧！

10X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术平台，可以应用于多种单细胞测序上，包括Single cell gene expression, Single cell Immune Profiling, Single cell CNV, Single cell ATAC。这篇文章将主要简述10X Genomics在单细胞基因表达检测方面，也就是scRNA-seq上的应用。

最近在看Construction of a human cell landscape at single-cell level 这篇文章。其中，作者构建出了多组织的人类单细胞图谱。注意到作者使用了Microwell-seq这一种scRNA-seq，因此特意了解该技术，来跟大家分享一下我对这项技术的理解。