整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

bedtools-intersect

当我们想判断两个基因组区域，例如两个peaks是否重叠时，可以使用bedtools intersect解决这种问题。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

MACS2

MACS2是一款常用的peak calling软件，可以鉴定ChIP-seq/Cut&Tag数据的peaks，本文简单介绍MACS2的安装及peak calling的用法。

STAR

简单记录STAR的常用命令。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

Bowtie 2是常用的基因组比对软件。其原理在此展开，有兴趣的同学可以参阅其官方文档以及其发表的文章(https://doi.org/10.1038/nmeth.1923)。下面简单介绍Bowtie 2 Index和比对的命令及个人常用参数。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是bamCoverage和bamCompare。两者的区别在于bamCoverage是对单个bam文件进行转换，而bamCompare接受两个bam文件，生成两者信号比值的bw文件。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组区域的ChIP-seq信号，并通过plotHeatmap和plotProfile函数分别产生ChIP-seq信号热图与谱图。

整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。

当我们需要评估ChIP-seq类测序数据的相关性时，deeptools 是一个可行且方便的工具。它提供了一系列方便的命令对高通量测序数据进行分析。本文先集中介绍deeptools中计算ChIP-seq样本间相关性所用到的命令，其余的命令有机会再一一介绍。

问题描述

近期在使用clusterProfiler的GO/KEGG富集结果进行绘图时，注意到一些条目的描述过于长，需要增加图片的宽度才能看到中间bar/dot的信息。

最近在处理服务器上的R，顺便就想往服务器上装一个RStudio。因此就有了本文记录一下安装及配置的过程。我们的服务器是CentOS 7系统，其他发行版安装过程其实也大同小异。

conda是什么

Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版，支持Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。

本文要介绍的Miniconda是一个Anaconda的轻量级替代，默认只包含了python 和conda，但是可以通过pip和conda来安装所需要的包。

说白了conda就是一个软件包的管理库，可以方便地安装各种软件，当然也包括生信分析中常用的各种软件。